1. Bendera Universitas
   1. Bendera Universitas berbentuk empat persegi panjang yang lebarnya dua pertiga dari panjangnya.
   2. Bendera Universitas berwarna hijau tua melambangkan perjuangan menegakkan kebenaran dan pembangunan nasional.
   3. Di tengah-tengah bendera Universitas terpampang lambang Universitas.
   4. Di bawah lambang bertuliskan “State Islamic University Sunan Kalijaga Yogyakarta”.
2. Bendera Fakultas dan Pascasarjana
   1. Bendera fakultas dan pascasarjana berbentuk empat persegi panjang yang lebarnya dua pertiga dari panjangnya.
   2. Warna dasar bendera fakultas dan pasca sarjana beserta maknanya:
      • Kuning untuk Fakultas Adab dan Ilmu Budaya, mencerminkan kemuliaan dan kebudayaan.
      • Coklat muda untuk Fakultas Dakwah dan Komunikasi, melambangkan seruan kepada kebenaran.
      • Hitam untuk Fakultas Syari’ah dan Hukum, menunjukan keteguhan iman dan amal kebajikan.
      • Biru muda untuk Fakultas Ushuluddin dan Pemikiran Islam, melambangkan kejernihan jiwa dan inklusifisme.
      • Biru benhur untuk Fakultas Sains dan Teknologi, melambnagkan kecermatan, ketelitian, dan ketenangan.
      • Ungu muda untuk Fakultas Ilmu Sosial dan Humaniora, mencerminkan dinamika kehidupan.
      • Orange untuk Fakultas Ekonomi dan Bisnis Islam, mencerminkan kekuatan den independensi.
      • Merah hati untuk Pascasarjana, melambangkan semangat pengembangan ilmu.
   3. Di tengah bendera Fakultas dan Pascasarjana terpampang lambang universitas.
   1. Di bawah lambang universitas terdapat nama setiap fakultas dan pascasarjanahttp://uin-suka.ac.id/id/page/bendera